公诉转自诉案件不适用反诉制度。公诉转自诉案件其实是对机关、行为的一种审查，是一种监督纠错机制。它本质上仍是公诉案件，只不过赋予了被害人自诉的救济权利，因此是不允许反诉的。
【本文关联的相关法律依据】
《刑事诉讼法》第一百八十条规定，对于有被害人的案件，决定不起诉的，人民应当将不起诉决定书送达被害人。被害人如果不服，可以自收到决定书后七日以内向上一级人民申诉，请求提起公诉。人民应当将复查决定告知被害人。对人民维持不起诉决定的，被害人可以向人民起诉。被害人也可以不经申诉，直接向人民起诉。