法律分析：在刑事诉讼中，物证是其中一种证据形式。如果检察机关的物证来源存在问题，被指控人可以提出申辩。
法律依据：
1.《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百四十三条规定：“被告人、辩护人、诉讼代理人有权对控辩双方提出的证据进行质证，并可以提出新的证据。”
2.《中华人民共和国刑法》第八十三条规定：“犯罪嫌疑人、被告人有权对检察机关或者提供的证据提出异议，并有权对与自己有关的犯罪事实进行申辩。”
3.最高人民关于办理刑事案件证据问题的规定第十规定：“检察机关在收集、固定、提取、送检、保管、鉴定证据时，应当遵守法律、法规和司法解释的规定，确保证据的可靠性、真实性、完整性。”
因此，被指控人可以对检察机关提供的物证进行质疑，并提出新的证据进行申辩。同时，检察机关在收集和保管证据时也必须遵守法律、法规和司法解释的规定，确保证据的可靠性、真实性、完整性。