预算审核是企业重要的财务管理流程之一，但在实际操作中，涉及到利益冲突的申请会增加审核难度。以下是处理涉及利益冲突的申请的建议：
1.明确利益关系：在审核前，要明确申请人与申请事项之间的利益关系，如是否存在利益冲突、是否符合公司等。如果存在利益冲突，需要在审核时特别关注，审批时要保证公正、公平。
2.建立审批机制：建立审批机制，确保审核流程合理、公正、透明。审批机制中需包含审核人员、审批流程和审批标准等内容。如可以设置多级审核、交叉审批等方式，提高审核质量。
3.制定明确的预算：公司应制定明确的预算，规定预算编制的流程、标准和要求等。预算要求严格，确保预算编制符合公司的战略方向和管理要求，减少利益冲突的发生。
4.加强内部控制：加强内部控制，提高预算的透明度和准确性，规范预算编制和执行的流程和标准。加强内部审计，发现问题及时处理。
综上所述，处理涉及利益冲突的申请需要建立明确的审批机制、制定明确的预算、加强内部控制等措施。只有在这些方面做好，才能有效地减少利益冲突的发生，确保预算编制和执行的公正、公平、透明。