涉密信息在预算审核中是一个非常敏感的问题，需要做到保密、严谨、规范。以下是一些处理涉密信息的申请的方法：
1.建立涉密信息管理制度：建立涉密信息管理制度是处理此类问题的首要任务。制定涉密信息的管理规定，指明什么属于涉密信息，明确涉密信息的保密级别，明确涉密信息的使用范围和范围内人员的权限，规定涉密信息的存储、传输和销毁程序等。
2.分级管理：根据涉密信息的保密级别，对涉密信息进行分级管理。对于不同级别的涉密信息，采取不同的保密措施，涉密信息的使用范围和范围内人员的权限。
3.建立涉密信息的审核机制：建立审核机制，对涉密信息的申请进行审核。审核人员需要具备一定的保密意识和保密知识，审核时需严格按照制度和规定进行操作，并对审核结果进行记录。
4.采用涉密信息保护技术：采用加密技术、防护技术等技术手段，保护涉密信息的安全性和完整性，防止信息泄露和篡改。
5.建立涉密信息的安全审计制度：定期进行涉密信息的安全审计，发现安全漏洞和问题及时处理，保证涉密信息的安全。
总之，处理涉密信息的申请需要建立科学规范的管理制度，分级管理，审核机制，采用保密技术，建立安全审计制度等措施来保密信息的安全性和完整性。